اهتمت الجامعة بعد تكوينها والشروع في إنشاء وحداتها الأساسية من كليات ومختبرات أن تبنى علاقات خارجية وطيدة مع الجامعات الخارجية والمؤسسات العلمية الدولية .

         إذ وقعت الجامعة بروتوكولاً  للتعاون بينها وبين المنظمة الإسلامية للتربية والعلوم والثقافة شمل التبادل الإعلامي والنشاط التربوي والعلمي والثقافي وكان من ذلك :

-        تأليف وطباعة سلسلة كتب في تعليم اللغة العربية للناطقين بغيرها .

-        إقامة ندوات علمية عالمية حول بعض القضايا  التربوية .

-        ترجمة ونشر بعض الكتب الإسلامية .

-        ترجمة العديد من المشاريع المشتركة بين المنظمة والجامعة تحت التنفيذ .

-        عقد دورات حول تدريب معلمي اللغة العربية والتربية الإسلامية أثناء الخدمة .

وهناك العديد من  المشاريع المشتركة بين المنظمة والجامعة تحت التنفيذ .

تتمتع الجامعة بعضوية :

-        الاتحاد العالمي للجامعات ( IAU)

-         اتحاد الجامعات العربية (AARU)

-        اتحاد جامعات العالم الإسلامي

-        (FUIW)- اتحاد الجامعات الإفريقية (AAU)

-        اتحاد الجامعات السودانية  (SAU)

وهناك اتفاقيات ثنائية  للتعاون العلمي والثقافي مع عدد من الجامعات والمؤسسات العلمية العالمية والإسلامية مثل :

-        جامعة الملك فيصل بأنجمينا ( تشاد )

-        الاتحاد العالمي للمدارس العربية والإسلامية .

-        الجامعة الإسلامية العالمية بماليزيا .

-        جامعة آل البيت بالأردن .

-        الجامعة الإسلامية بالنيجر .

-        جامعة أمبالى بيوغندا .

-        جامعة جنوب إفريقيا (UNISA)

-        كلية الشريعة بسراييفو .

-        كلية الكانمى بنجيريا .

-        كلية التربية ( زنجبار ) وهى تنتسب علمياً إلى الجامعة ، وتمنح الجامعة خريجيها درجة البكلاريوس .

-        جامعة شرق افريقيا - بوصاصو – الصومال .

-        جامعة Prince of Songkla – تايلاند .

-        الجامعة الإسلامية العالمية – إسلام أباد – باكستان .

-        جامعة بنادر – الصومال .

-        جامعة أديس أبابا – أثيوبيا .

-        الجامعة الإسلامية البورندية ( كوميبو ) – بورندى .

-        الهيئة العالمية لتحفيظ القرآن برابطة العالم الإسلامى .

-        مشروع عيون الحياة الخيرى .

-        منظمة رعاية الطلاب الوافدين .

الندوة العالمية للشباب الإسلامى .