أصدر السيد مدير جامعة إفريقيا العالمية البروفيسور عمر السماني الشيخ قراراً إدارياً بتاريخ 17/7/2002م لتقديم دراسة عن إنشاء كلية الصيدلة بهذه الجامعة وعلى إثر ذلك قامت اللجنة المكلفة بالمشروع بعقد عدة إجتماعات تفاكرية وبعد نقاش مستفيض أوصت بقيام الكلية في عام 2006م في مباني مجمع كلية الطب والعلوم الصحية وقد تم ذلك.

          عقدت الكلية ورشة العمل الأولى لوضع المناهج بتاريخ 15/7/2006م وتم قبول الدفعة الأولى من الطلاب للعام الدراسي 2006 /2007م.