مجلس الأمناء :-

 يتكون مجلس الأمناء من :

( أ ) ثلاثين عضواً يمثلون المنظمات والهيئات في العالم الإسلامي وبعض الدول.

(ب) عشرة أعضاء من ذوي الكفاية والاهتمام بالشئون الإسلامية يختارهم مجلس الأمناء وتستمر عضويتهم لمدة 4 سنوات .

(ج) مدير الجامعة .

 ويقوم  الأستاذ/ دفع الله  الحاج يوسف برئاسة المجلس في الفترة الحالية .

  مجلس الإدارة :-

يتكون مجلس الإدارة على النحو التالي :

 ( أ ) المدير ونائباه

 (ب) خمسة أعضاء من خارج الجامعة يختارهم مجلس الأمناء .

 (ج) خمسة عمداء يتم اختيارهم بطريقة دورية.

ويتكون المجلس حالياً من :

  ( أ ) المدير ونائبيه :

  1/ بروفسير/ عمر السماني الشيخ إبراهيم       مدير الجامعة     رئيساً

  2/ بروفسير/ محجوب  محمد الحسين        نائب المدير للشئون الإدارية والمالية   عضواً

  3/ بروفسير/ محمد على حسين عثمان      نائب المدير للشئون العلمية      عضواً

 (ب) أعضاء من خارج الجامعة :

4/ بروفسير/ عبد الله أحمد عبد الله      رئيس مجلس إدارة شركة إكثار البذور

5/ بروفسير/ أحمد الطيب أحمد          مدير جامعة السودان للعلوم والتكنولوجيا

6/ د. إسماعيل قرشي                   المدير العام للصندوق القومى للتأمين الاجتماعى

7/ الأستاذ/ عبد الباسط عبد الماجد       وزير الثقافة والسياحة سابقاً.

8/ بروفسير/ عبدالرحيم على محمد    مدير معهد الخرطوم الدولى للغة العربية

  العمـــداء :-

1 / بروفسير/ حسن مكى محمد أحمد   مدير مركز البحوث والدراسات الإفريقية              عضواً

2/ الأستاذ/ قسم السيد إبراهيم محمد  عميد كلية دراسات الحاسوب                       عضواً  

3/ الدكتور / عوض خليفة موسي      مدير معهد دراسات الكوارث واللاجئين          عضواً

4/ بروفسير/ مبيوع مصطفى عبدالوهاب عميد كلية الطب والعلوم الصحية               عضواً

5/الأستاذ/ بشير عبد الواحد بشير عميد شئون الطلاب                        عضواً

3/ المجلس العلمي :

يتكون المجلس العلمى على النحو التالي :

-        مدير الجامعة                                                            رئيساً

-        نائبا المدير

-        أعضاء هيئة التدريس من هم فى درجة أستاذ وأستاذ مشارك .

-        العمداء .                                                              أعضاء

-        أمين المكتبة .

-        مديرو المراكز والمعاهد .

-                رؤساء الأقسام العلمية .

      راعي الجامعة:-

جاء في الفقرة (6) من النظام الأساسي للجامعة تحت عنوان راعى الجامعة :

1-    يختار مجلس الأمناء راعياً للجامعة لمدة أربع سنوات.

2-  يكون لراعى الجامعة الحق في أن يطلب موافاته بالمعلومات المتعلقة بكل ما يتصل بالجامعة ويجب على إدارة الجامعة تقديم تلك المعلومات .

3-    يترأس راعى الجامعة احتفالاتها عندما يكون حاضراً .

وفى اجتماع مجلس الأمناء التأسيسى (26-28 جمادى الأولى 1412هـ 2-4 ديسمبر 1991م ) اتخذ المجلس القرار رقم (3) بأن يكون السيد رئيس الجمهورية المشير/ عمر حسن أحمد البشير راعياً للجامعة ، ووافق سيادته مشكوراً على هذا الاختيار .